Nikunnakki

Harvardissa ovat väsänneet upean animaatiopätkän solun sisäisestä elämästä. Löytyy täältä, kannattaa katsoa! Tässä nähdään verisuonessa kulkevia valkosoluja, joista yksi siirtyy suonesta kudokseen, kenties bakteereita jahtaamaan.

Valkosolu vierii pitkin suonen pintaa, kunnes solun ja suonen pinnan proteiinit kytkeytyvät yhteen. Vastaanotinproteiinit matkustavat solukalvolla kulkevilla lautoilla, ja solu saa merkin ryhtyä toimeen. Tukiranka muuttuu, sitä rakennetaan pienistä palikoista, ja puretaan toisaalla. Soluelimiä kuljetetaan raiteita pitkin, ja solu alkaa tehdä uusia proteiineja. Niitä viedään solun pintaan, ja lopulta solu ujuttautuu suonen seinämän läpi.

Juttua animaation teosta täällä. Toteavat, että tätäkin varten todellisuutta oli yksinkertaistettava rutkasti - oikea solu on niin täynnä tavaraa ja toimintaa, ettei siinä pystyisi näkemään metsää puilta.

Biokeskuksen seminaarissa oli eilen äääärimmäisen kiehtovaa juttua ihmiskunnan varhaisista vaiheista. Vieraana oli Richard Villems Tartosta. Hänen porukkansa selvittelee genetiikan keinoin, miten ihmiset ovat tätä planeettaa kansoittaneet. Ryhmä on kerännyt kymmeniätuhansia DNA-näytteitä eri kansoista ja heimoista. Nyt näistä tutkitaan mitokondrio-DNA:n ja Y-kromosomien sekvenssejä, joiden avulla näytteet voidaan järjestää sukupuuksi äitien ja isien linjan mukaan.

Kaikki tunnetut mitokondrio-DNA:n perustyypit löytyvät Saharan eteläpuolisesta Afrikasta. Yhdessä fossiilitietojen kanssa tästä voidaan päätellä, että me kaikki todella olemme sieltä lähtöisin. Voidaan tosiaan puhua yhdestä ainoasta mitokondrio-Eevasta ja Y-kromosomi-Aatamista: kaikkien nykyisin elävien ihmisten mitokondriot polveutuvat tietyn ehkä reilut satatuhatta vuotta sitten eläneen naisen mitokondrioista, ja kaikkien miesten Y-kromosomit polveutuvat yhden kauan sitten eläneen miehen Y-kromosomeista. Äkkiseltään ällistyttävää, mutta tarkemmin ajateltuna näinhän se melkein väkisinkin menee.

Villems uskoo, että ihmiset alkoivat ehkä 50-60 000 vuotta sitten levitä Afrikan sarven kautta, rannikkoja pitkin ensin Arabiaan ja sieltä sitten toisaalta Euroopan, toisaalta Intian suuntaan. Intia on melkein Afrikan veroinen monimuotoisuuden saareke: sieltä löytyvät lähes kaikki ne mitokondrio-DNA:n perustyypit, joita esiintyy muualla Afrikan ulkopuolella.

Sitten lähemmäs omia nurkkiamme. Suomessa, Virossa ja muuallakin Baltiassa on hyvin yleinen Y-kromosomityyppi, joka on levinnyt koko pohjois-Euraasiaan, ja lienee alunperin lähtöisin Kiinasta. Sieltä lienee siis joskus muuttanut reippaita miehiä tähän suuntaan. Muualla Euroopassa tyyppi on hyvin harvinainen (siis vielä Liettuassakin yleinen, mutta jo Puolassa vain parilla prosentilla miekkosista).

Saamelaiset sen sijaan näyttävät olevan selvästi "parempia" eurooppalaisia. Heillä on vallitsevana mitokondrio-DNA-linja, jota ei juurikaan esiinny muualla - paitsi Espanjassa! Näyttää siltä, että saamelaiset ovat lähtöisin sieltä, ehkä jonkinmoisesta jääkauden aikaisesta turvapaikasta. Arkeologit ovat todenneet, että niihin aikoihin siellä syötiinkin enimmäkseen poroja.

Tuoreempaakin historiaa on geeneihimme kirjautunut. Meksikossa kuulemma äideiltä peritty mitokondrio-DNA on pääosin intiaanien perua. Sen sijaan Y-kromosomit  - kuinka ollakaan - ovat suurelta osin Euroopasta tuotua tavaraa. "Things happen", tuumi Villems.

Huomisaamuna oli tarkoitus lähteä pitkästä aikaa Mäntsälään teurastamokeikalle,  hakemaan hiukan verisuonia ja luuydintä. Päätin kuitenkin jättää väliin, niin mahdoton pääkallokeli on nyt teillä. Kokeillaan ensi viikolla uudestaan. Nyt pysyttelen siisteissä sisätöissä, tiirailen alkuviikosta tekemiäni immunovärjäyksiä, ja taidanpa lähettää väitöskirjan kannen testitulostukseen.

Hesarin tiedesivuilla oli tiistaina repäisevä juttu biohakkereista. Nyt ollaan kuulemma bioalalla samassa pisteessä kuin tietokoneiden kanssa joskus silloin, kun Gatesin Bill ja Jobsin Steve värkkäsivät autotalleissaan uraauurtavia värkkäyksiään. Biohakkerit napsivat biopankeista biopalikoita ja kokoavat niistä uudenlaisia organismeja, tai ainakin virittelevät olemassaolevia bakteereita tai vaikkapa takapihan kukkasia. Hakkerilehti Makezine opastaa elektroniikkaviritysten ohella myös kyökkibiotekniikkaan. Syntyy mullistavia keksintöjä, mutta homma on myös äärimmäisen vaarallista: siinä touhussa kun ei koskaan tiedä, mitä tapahtuu. Silti edes Kansanterveyslaitos ei pysty tätä valvomaan: kuka tahansa voi jo tilata postimyynnistä kohtuuhintaan esimerkiksi isorokkoviruksen osia, kuten Guardian-lehti onnistui kesällä tekemään suuren kohun saattelemana.
Huh huijaa, sanon minä. Nyt menee lujaa, nimittäin arvoisilla toimittajilla. Pitäisiköhän tuosta suorastaan loukkaantua? Meidän yliopistolla touhuavien ammattilaisten täytyy kai olla todellisia tunareita, kun nämä asiat niin monasti teettävät työtä ja tuskanhikeä, vaikka vehkeet ja välineet ovat viimeisen päälle.

No, taitaa sentään olla niin, ettei autotalleissa ihan vielä ihmeitä tehdä. Makezine opettaa pakastamaan etanan (tai ainakin melkein) ja kasvattamaan sieniä. Onhan sekin toki ihan hauskaa. Ja Guardian tosiaan onnistui tilaamaan kappaleen isorokkovirusta - tavallaan. Eli noin 70 nukleotidin mittaisen synteettisen pätkän viruksen perimästä, joka on kaikkiaan parisataa tuhatta nukleotidia pitkä. Tällaisia pieniä DNA-kappaleita tehtaillaan nykyisin rutiinisti koneilla molekyylibiologien työkaluiksi. Saavutus on suunnilleen sama, kuin joku yhden rivin kirjoitettuaan sanoisi laatineensa osan Nobel-romaanista. Toinen juttu on sitten se, että edes virus ei sentään koostu pelkästä perimästä, vaan kotelon ympäroimään pakettiin kuuluu muunmuassa joukko viruksen omia entsyymejä, jotka tarvitaan infektion aloittamiseen.

Sain vihdoin valittua karonkkapaikan. Siinäpä olikin jahkaamista niin, että itse kirjan teko rupesi jo melkein tuntumaan pikkujutulta (ainakin näin jälkeenpäin)! Kun yrittää saada halvalla hienoa... mutta nyt olen tyytyväinen, löytyi upea ja silti muihin verrattuna yllättävän kohtuuhintainen ravintola. Jätetään kuitenkin vielä toistaiseksi salaisuudeksi, jottei pilata yllätystä.

Kuten tuossa jo privaatimmin kirjoitin, alkukesästä lehteen lähetetty tutkimusartikkelimme tuli takaisin. "Publication will be reconsidered after major revision". Eli pitäisi petrata vähän sieltä ja tuolta. Tämähän on tavanomaista. Harmillista oli se, että heinäkuussa (kun juttumme oli jo sisällä), muuan toinen ryhmä julkaisi pitkälti samanmoisen saavutuksen. Joten arvioitsijat tuumivat, että tämähän on jo nähty ja kuultu. Olisi siis pitänyt olla kuukautta nopeampi!

No, meidän onneksemme sillä toisellakin porukalla homma on vastustanut, ja meillekin jää tässä tehtävää. Täytyy vaan nyt hoidella arvioitsijoiden kommentit tavalla tai toisella... eli osa selitetään toimittajalle turhanpäiväisiksi, ja osa tehdään kiltisti. Halusivat muunmuassa että katsoisimme asiaa myös sikiöissä. Sehän passaa, kun ollaan onneksi juuri kerätty sellaista materiaalia toiseen projektiin.

Olen siis tässä viime viikot pitkästä aikaa värjäillyt ja tiiraillut sikiöitä. Ensimmäistä kertaa tulee samalla katsottua freemartin-nautoja tässä vaiheessa - siis, vihdoin näen suoraan, kuinka veljestä virranneet verikantasolut ovat asettuneet sikiön maksaan, ja suoltavat siellä lehmään sonnin verisoluja.

Tuli samalla taas kerran todettua, että kehitysbiologia se vaan jaksaa kiehtoa. Sain Oulussa jossain määrin tarpeekseni tiineitten hiiriemojen lahtaamisesta ja hiirensikiöiden silpomisesta. Mutta kaipa sitä täytyy taas hakeutua niihin hommin, kun tuota postdoccia ajattelee... mikään muu vaan ei ole yhtä hienoa ja ihmeellistä kuin uuden elämän synty.

...Nikunnakkiinkin. Täällä etelässä on ollut ihmeen lämmintä, viittätoista, jopa pariakymmentä astetta edelleen. Nyt alkaa kuitenkin lehdet pudota.

Kelattiin läpi arvioitsijoiden kritiikit, päätettiin mitä tehdään, ja jaettiin työt. Osa tehdään, osasta selitetään toimittajalle, miksi hommassa ei ole mieltä. Nyt ei muuta kuin hommiin! Jutusta tullee entistä ehompi, tosin vähäsen jurppii se, ettei nyt vielä päästykään käsiksi uusiin kiinnostaviin projekteihin, vaan joudutaan vielä jahnaamaan tämän kanssa.

Saatiin vihdoin postia lehdestä, jossa taannoinen artikkelimme on ollut arvioitavana alkukesästä asti. Vaativat "major revisions" julkaistaakseen sen.

Eipä siinä sinänsä mitään, sellaista tämä tapaa olla. Kiusallisempaa on, että näköjään heinäkuussa (eli juuri ennen kuin meidän artikkelimme ehdittiin käsitellä) muuan japanilainen porukka ehti julkaista samantyyppisen jutun. Eli ehtivät juuri meidän nenäimme edestä tehdä tämän homman "ensimmäistä kertaa naudalla", kuten me pröystäilimme. Ja valitettavasti tietyllä tapaa paremmin ja perusteellisemmin kuin mihin me pystyimme. Mikä tarkoittaa, että meidän on nyt vaikeampi saada omaa tarinaamme julkaistua missään.

No, toisaalta me olemme katsoneet asiaa eri näkökulmasta, ja japanilaisten jutussakin on monia heikkoja kohtia, jotka taas meillä ovat paremmin. Mielenkiintoista kyllä, olemme lisäksi useasta yksityiskohdasta hyvin eri mieltä. Tämä on erityisen hauskaa sikäli, että veikkaan toisen arvioitsijan olleen nimenomaan joku noista japanilaisista, kommenteista päätellen!

Täytyy nyt vaan miettiä, mitä tuolle kannattaa ruveta tekemään. Yritetäänkö selittää toimittajalle, miksi arvioitsijoiden nejane vaatimukset ovat turhanpäiväisiä, vai jaksetaanko tehdä kaikki vaivalloiset lisätyöt vain sen takia, että saataisiin juttu läpi lehteen. Oman mutkansa matkaan tuo sekin, että artikkeli on osa väitöskirjaani... tosin sillä ei ole suuremmin merkitystä, koska artikkeleita on kirjassa riittävästi ilman tätäkin.

Tekninen muutos Nikunnakki-järjestelmässä: kaikki viestit osastoilla Sivustosta, Reseptit, Tervetuloa, Ohjeita sekä Tutkijan päiväkirja näkyvät oletusarvoisesti kaikille kävijöille, niin myös niihin lisätyt kommentit. Muut osastot näkyvät edelleen vain ystäville ja sukulaisille.